Tissue Organization
concept
cancer
Perspective
Tissue organization 指组织中的细胞、结构和功能区域如何在空间上排列。读 spatial omics 文献时，这个概念很关键，因为空间位置本身就是生物学信息。
在肿瘤里，同样的细胞类型如果位于 tumour core、invasive margin、adjacent stroma 或 perivascular region，可能具有完全不同的功能意义。Zhang et al. 这篇文章正是从 tumour core 到 adjacent stroma 的空间梯度出发，定义 spatial ecotypes。
Definition
Tissue organization is the spatial arrangement of cells, cell states, extracellular structures, and functional regions within a tissue.
中文理解：tissue organization 是组织怎样被“排布”和“分区”。它关注细胞在哪里、和谁相邻、处在什么组织区域，以及这些空间关系如何影响功能。
Why It Matters
传统 bulk omics 会把组织打碎后测平均信号，容易丢失空间信息。Single-cell RNA-seq 能看到细胞状态，但通常也丢失原位位置。Spatial omics 的价值就在于把表达状态放回组织结构里。
对肿瘤来说，tissue organization 会影响：
- immune cell infiltration 或 exclusion
- tumour-stroma interaction
- hypoxia 和 angiogenesis
- antigen presentation
- drug penetration
- immune checkpoint therapy response
Key Points
- Tissue organization 不是背景结构，而是疾病表型的一部分。
- 空间邻近可以提示潜在 cell-cell interaction，但不能直接证明因果互作。
- Tumour core、tumour margin 和 adjacent stroma 常常对应不同的 TME states。
- Spatial transcriptomics、multiplex imaging 和 spatial proteomics 都是在恢复 tissue organization。
- 读 spatial paper 时，要区分作者是在分析 cell abundance、cell state，还是 spatial arrangement。
In Papers
Note
最实用的理解：tissue organization 是“细胞状态加上空间位置”。如果一个结论只说某细胞多了，还不算完整；如果能说明它在哪、和谁在一起、处于什么组织区域，才进入 spatial biology 的层面。